I 2003-2004 blev møllen restaureret, sådan at den igen kan male mel. Men det er ikke første gang, at der er foretaget gennemgribende arbejder på møllen.

 Den første restaurering, som snarere var en modernisering og udvidelse, blev foretaget i 1844. Her blev møllen gjort større, den fik flere kværne og en ny dobbelt krydsfod. Der er spor af denne modernisering flere steder i møllen, og den daværende mølleejer (Henrik Christian Hertz) satte sine initialer H:C:H og årstallet 1844 på stenbjælken og krydsfoden.

 I 1936 blev møllen overtaget af den selvejende instution »Kappel Stubmølle og Helligtrefoldighedskilde« og overgik fra at være fungerende mølle til at være museumsmølle. I 1956 gennemgik møllen en restaurering, hvor den blandt andet fik nye vinger, nyt akselhoved og nyt stråtag. Den blev dog ikke restaureret med henblik på at kunne fungere som mølle.

I 1983 blev møllen overtaget af Danske Møllers Venner, og de stod bag en restaurering i 1988-89, hvor møllen fik ny bræddebeklædning, ny fod, ny svans og nye vinger. Men selv maskineriet og teknikken blev ikke sat i funktionsduelig stand.

Kappel Stubmøllelaug overtog møllen i 2003 og var ansvarlig for den seneste restaurering, som blev gennemført i 2003-2004. Restaureringen blev udført af møllebygger Jens Jørgensen, Faxe Ladeplads, i samarbejde med arkitekt Jesper Herbert Nielsen, Vordingborg. Restaureringen omfattede blandt andet:

• Ny mølleaksel
• To nye hjørnestolper og samtlige skråbånd
• Enkelte løsholter (supplement)
• Forstærkning af de oprindelige sadelbjælker med U-jern
• Istandsættelse af melkværn, herunder ny kasse og nyt stokkedrev
• Istandsættelse af skallekværnen, herunder nyt stokkedrev
• Istandsættelse af perse og hejseværk
• Fornyelse af »skuret«
• Ny bræddebeklædning og nye vinduer
• Ny lægtning og tækning
• Ny krøjevogn

Efter restaureringen er møllen i stand til at male mel. Restaureringen blev financieret med bidrag fra Kulturarvstyrelsen, RealDania, E. Danielsens Fond, A.P. Møller og hustrus Fond, Danske Møllers Venner og Rudbjerg Kommune. Dertil andre mindre tilskud og møllelaugets egenfinanciering. 

Læs nærmere om møllens tilstand og forslaget til restaurering i arkitektrapporten fra 1998 (åbner i nyt vindue). Rapporten findes også som pdf-fil (med nogle billedlakuner)

Læs nærmere om om restaureringen i den afsluttende arkitektrapport fra 2004 (åbner i nyt vindue). Rapporten findes også som pdf-fil.